Ce cimetière doit son nom à son site d'origine où fut bâtie la chapelle Notre-Dame de Miséricorde aujourd'hui disparue. Un accord est passé en 1791 auprès des Carmes pour l'acquisition du terrain car les cimetières alentours étaient saturés. La première inhumation a lieu en 1793. La guerre de Vendée et la bataille de Nantes le remplissent rapidement et plusieurs extensions se succèdent. Aujourd'hui, le cimetière couvre 9 hectares pour plus de 16000 sépultures.
Il possède une grande variété de tombeaux depuis le 19ème siècle. Bronzes, bustes, portraits en médaillons et autres éléments décoratifs témoignent de la richesse artistique du cimetière.
Son patrimoine funéraire est reconnu et une campagne de restauration a été lancée en 2009 par la Ville et la Fondation du Patrimoine pour le protéger et le valoriser. Des monuments d'intérêt majeur ont été restaurés tels que la pieta située à l'entrée du cimetière (rue du Bourget) et la Colonne de Juillet 1830.
Il reflète les modes architecturaux et funéraires de ces années passées et la grande allée d'arbres bordée de chapelles familiales aux allures néogothiques nous permet de traverser l'histoire.
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